本校のクラブ活動は、真の文武両道の実現を目標に活動しています。しっかりと勉強に取り組むことができてはじめて、充実したクラブ活動が実現できると考えています。運動部19部、文化部12部の各クラブと、5つの同好会があり、生徒の代表者からなるクラブ運営委員会を中心として、クラブ活動全体の運営をしています。
高校生のクラブ活動は、原則週5日、中学生のクラブ活動は、週3日（〜5日）としています。また、日照時間や下校時の安全面を考慮し、12月〜2月の冬の期間は、最終下校時刻を通常より30分早めています。

基本的には、クラブ活動は中高合同で行っていますが、一部、中学生のみで活動しているクラブと高校生のみで活動しているクラブがあります。クラブ活動の加入率は、中学生は9割以上、高校生は6〜7割となっており、多くの生徒が自分の好きなことに打ち込み、学年を超えたつながりをつくっています。

運動部も文化部も、それぞれ目標を持ち、より高いレベルを目指して活動に励んでいます。
なかでも、農大一高らしい馬術部は全国レベルの大会で活躍しています。最近では剣道部の女子部員が国体に出場するなど、他の運動部も大会で成果をあげることを目指して日々鍛錬を続けています。
読売科学賞を受賞した生物部をはじめ、吹奏楽部や演劇部などもコンクールで優秀な成績を収めており、他の文化部も運動部と同様に活発に活動しています。

各クラブの特性によって活動日数は異なります。